Ainsi, quand on constate que les retombées de l’utilisation massive d’antibiotiques sont devenues menaçantes, la retenue s’impose. Et en recherchant d’autres anti-infectieux, on est parfois amené à retrouver des techniques délaissées, dans une sorte de retour aux arcs et aux flèches, quand l’emploi d’armes modernes finit par affecter notre survie.
Le retour des bactériophages
Pourquoi alors continuer à négliger l’utilisation de virus tueurs de bactéries, ces bactériophages méprisés depuis l’utilisation des antibiotiques et faire retour à la phagothérapie où un virus cible spécifiquement une bactérie, dans laquelle ils se répliquent avant de se propager ?!
Laissée à l’abandon il y a un bon demi-siècle, la phagothérapie va reprendre pied dans l’actualité en 2022, à la suite de la publication du livre de Charlotte Brives, puis récemment avec les publications du Pr Tristan Ferry, coordinateur du centre de référence des infections ostéoarticulaires complexes à Lyon, dont l’équipe cherche à contrer les dégâts de l’antibiorésistance en utilisant ces virus destructeurs de bactéries.
Qui fabrique l’antibiorésistance ?
Avant de poursuivre, il faut bien préciser que ce sont les bactéries qui deviennent résistantes, et non les êtres humains ou les animaux. C’est l’utilisation à gogo des antibiotiques dans la lutte contre les infections médicales et surtout, pour la prévention des épidémies sur les terres agricoles et dans les élevages, qui débouche sur une antibiorésistance catastrophique.
On ignore souvent que la sélection des semences se propose d’augmenter les rendements agricoles tout en standardisant les techniques et le matériel de culture. Mais quand chaque plante d’une monoculture est quasiment le clone de ses voisines, la fragilité structurelle de l’ensemble est telle, qu’il suffit parfois de l’introduction d’une bactérie résistante aux « antibiotiques protecteurs utilisés », pour tout mettre à mal. Et l’on recommence alors, avec un nouvel antibiotique…
Dans l’élevage intensif, où l’on utilise en plus les antibiotiques comme facteurs de croissance, les mêmes dangers surviennent de pratiques similaires. Ce qui explique que l’agro-industrie est devenue la source principale de l’antibiorésistance en utilisant massivement les antibiotiques dans une compétition permanente entre la prévention et l’apparition de résistances.
Pour autant, cette responsabilité prépondérante de l’agro-industrie ne doit pas faire baisser les bras par découragement, et inciter à abandonner les bonnes pratiques médicales qui restreignent l’utilisation d’antibiotiques aux situations nécessaires. Les campagnes d’information doivent se multiplier et les tests de dépistage devenir de plus en plus efficaces et accessibles, comme les tests d’orientation diagnostique (TROD) qui permettent de vérifier l’origine virale ou bactérienne d’une angine en quelques minutes à partir d’un prélèvement de gorge, pour décider de la nécessité ou non d’une antibiothérapie.
Estimer les dégâts et les impasses de la situation
Actuellement, l’antibiorésistance de certains germes est telle qu’il n’existe plus que quelques rares antibiotiques pour espérer en venir à bout.
En France, on estime entre 5.000 et 10.000 par an, les décès dus à des bactéries devenues résistantes aux traitements, tandis que dans le monde, le chiffre d’un million de morts a été retenu pour l’année 2019.
Il serait pourtant envisageable et aussi, souhaitable, d’avoir de nouveaux antibiotiques pour sauver les personnes menacées par cette impasse. Il suffirait de choisir parmi les molécules que les micro-organismes utilisent pour régir leurs relations, celles qui sont efficaces contre les principales bactéries impliquées dans ces décès – suivre de la sorte, les traces de Fleming, qui en 1928 avait découvert la pénicilline en revenant de vacances, et en apercevant dans une boîte de Pétri oubliée sur sa paillasse, la présence de zones non infectées.
Mais contrairement à la période fort juteuse de nos décennies précédentes, les industriels du médicament, ne veulent plus engager leurs fonds dans une recherche longue et aléatoire de nouvelles molécules antibiotiques. Ces molécules qui seraient ensuite, prescrites avec parcimonie, pour éviter de nouvelles résistances. Dans notre monde où la recherche du profit sert d’épine dorsale, investir à perte ne pourrait être à l’évidence, qu’un oxymore suspect d’hérésie.
Peser les avantages et inconvénients avant de proposer la renaissance de la phagothérapie.
Le premier avantage de l’utilisation de virus bactériophages est leur spécificité – chacun va s’attaquer spécifiquement à une bactérie pour la détruire, tout en s’y multipliant.
Le second avantage est que contrairement aux antibiotiques qui se diluent progressivement dans tout l’organisme, les phages améliorent leur efficacité antimicrobienne en se multipliant au sein des zones infectées.
Le troisième avantage, c’est que cette auto-amplification singulière qui permet la destruction sélective de bactéries infectieuses, permet aussi de respecter et de protéger le reste de la flore microbienne, en particulier le microbiote intestinal. À l’inverse de l’habituel effet « bulldozer » des antibiotiques qui « en ratissant large » sélectionnent aussi les germes résistants.
Un quatrième avantage tient à leur effet sur le biofilm microbien, cette protection collective des bactéries contre les défenses des organismes infectés. La capacité des phages à dégrader cette barrière fait espérer que leur utilisation permettra de conserver en place, des implants chirurgicaux menacés par l’infection, et éviter ainsi de nombreuses chirurgies et leurs complications chez des patients fragiles.
Quant aux inconvénients, ils commencent par la remise en cause de tout le système de production de produits de santé. Comment en effet, refaire une place à un traitement utilisant des virus, quand toutes les règles de « bonnes pratiques » stipulent une asepsie rigoureuse et que tous les règlements se sont moulés sur ce paradigme devenu universel depuis l’avènement des antibiotiques ?
Un défi que des équipes de chercheurs tentent de relever depuis plusieurs années, avec ces derniers temps quelques avancées significatives qui utilisent de rares passerelles, comme l’accès compassionnel.
L’autre inconvénient qui freine la mise en place de cette thérapie, réside dans la rareté des collections de virus bactériophages. Des banques se constituent et des échanges avec les pays qui n’avaient pas complètement cessé de les utiliser, s’intensifient, mais cela prend du temps.
Va-t-on déboucher sur une conclusion paradoxale, en envisageant de proposer des assortiments de phages susceptibles de combattre un type de maladies, comme par exemple, les affections pulmonaires aiguës ? En envisageant aussi de créer des chaînes de production de « cocktails » utilisables pour certaines infections. Et, paradoxalement, on peut se demander si les Big Pharmas ne vont pas bientôt trouver des avantages à investir dans la production et la distribution de « mélanges pré-préparés de bactériophages »… ?
Reste qu’on ne transforme pas facilement des virus en molécules médicamenteuses et que la route est encore semée d’embûches pour assurer la rigueur et la reproductibilité des avancées actuelles.
D’autant qu’il faut avoir conscience que les virus bactériophages ne sortent pas de nulle part, que sans bactérie, il n’y a pas de phage. Qu’il existe entre eux un équilibre, une écologie nécessaire et indispensable qui entre en contradiction avec la mentalité du « tout ou rien ». Et qu’une thérapie à base de virus devra composer avec… !
